La principal prioridad de la Comenius University Bratislava es formar futuros médicos que entiendan su profesión como una misión. La Facultad está, por lo tanto, comprometida no solo con ser una base docente que proporcione conocimientos de alta calidad en los niveles actuales de la ciencia médica, sino también una institución emergente que moldee los perfiles morales y personales de sus graduados. Además, esta institución, es una base para la investigación que se origina en la escuela y contribuye a la formación de relaciones de investigación entre estudiantes y profesores. El enfoque curativo-preventivo de la escuela representa la aplicación de conocimientos teóricos y prácticos en la práctica médica diaria que debería superar significativamente el promedio nacional y, en algunas áreas, también el europeo.

El papel de esta universidad de medicina es proporcionar educación médica general de pregrado, así como educación de posgrado a través de cursos de estudios especializados en las profesiones de la salud, cursos de capacitación y estudios de doctorado. Los programas de estudio de medicina general y odontología se ofrecen en inglés. La formación de nuevos científicos toma la forma de estudios de doctorado.